Pierwsze wzmianki dotyczące nauczania w Waksmundzie. Kierownik otrzymywał uposażenie: 6 korcy owsa i tyle samo żyta, a w 1608 r. opłata za naukę za jednego zagrodnika wynosiła 1 grosz.

Ruszyła budowa obecnego budynku tzw. „starej szkoły". Początkowo szkoła ta miała l salę lekcyjną dla uczniów klas od trzeciej do szóstej, uczniowie klas pierwszej i drugiej naukę pobierali nadal w „organistówce". W budynku szkoły znajdowało się też mieszkanie dla kierownictwa.

Rozpoczęto nauczanie w nowopowstałej szkole. Naukę w wieku sześciu lub siedmiu lat w zależności od uznania rodziców w roku szkolnym 1894/95 rozpoczęło 9 dziewcząt i 13 chłopców.

Rada Szkoły, która dotychczas połączona była z Radą w Ostrowsku odłączyła się i utworzyła samodzielną jednostkę w Waksmundzie.

Lata wojny nie sprzyjały edukacji, mimo tego wg metryk szkolnych liczba uczniów rozpoczynających naukę wynosiła około trzydziestu. Budynek szkoły w czasie II wojny światowej był miejscem tortur i kaźni wielu mieszkańców wsi. Tu bowiem Niemcy prowadzili przesłuchania partyzantów i ich rodzin. Budynek tej szkoły jest miejscem uświęconym krwią tych, którzy mieli odwagę przeciwstawić się okupantowi, walczyć o wolność i za nią ginąć.

Do szkoły uczęszcza 217 uczniów, z którymi pracowało sześciu na­uczycieli W szkole pod opieką nauczycieli działają: Samorząd Szkolny, Spółdzielnia Uczniowska, SKO. Szczególny nacisk kładzie się na wychowanie. Wzrasta poziom czytelnictwa wśród uczniów - średnio 10 książek rocznie na ucznia. Organizowanych jest coraz więcej wycieczek w Tatry, na Orawę, do Krakowa. Kierownik szkoły przeprowadza badania wyników nauczania, aby całościowo ukierunkować pracę dydaktyczno-wychowawczą. Uczniowie licznie biorą udział w konkursach: plastycznych, recytatorskich, wokalnych.

Decyzją Rady Pedagogicznej wcho­dzi w życie Statut Szkoły Podstawowej w Waksmundzie, Regulaminy: Szkoły, Rady Pedagogicz­nej, Oceny z zachowania. Liczba uczniów wynosi 325 w 16 oddziałach.Wprowadzono sześciostopniową skalę  ocen  osiągnięć ucznia. Została powołana Rada Szkoły, w skład której wchodzi po trzech przedstawicieli: ro­dziców, uczniów i nauczycieli. Rada Szkoły ma znaczny wkład w to, aby we wsi Waksmund dzieci pobierały naukę w godziwych warunkach, aby powstał budynek nowej szkoły.

11 stycznia 2001 r. zatwierdzono projekt budowy nowego budynku szkoły.

9 grudnia 2006 r. oficjalne otwarcie i poświęcenie obiektu nowej szkoły. Do nowego budynku przeprowadza się Szkoła Podstawowa. Gimnazjaliści z Waksmundu rozpoczynają uczęszczanie do szkoły we własnej miejscowości. Nie ma już potrzeby dowożenia uczniów do gimnazjum w Krempachach. W Waksmundzie działają niezależnie: szkoła podstawowa i gimnazjum.

Rozpoczyna działalność oddział sportowy od klasy 4 szkoły podstawowej, o specjalnościach sportowych: piłka nożna i tenis stołowy.

W związku z reformą oświaty Zespół Szkoły Podstawowej i Gimnazjum w Waksmundzie zmienia nazwę na "Szkoła Podstawowa w Waksmundzie".